这个时候的严世蕃似乎一点也不担心自己的处境。在审判中,他只承认自己贿赂的事,却声称其他的行为都不是严重的罪行。严世蕃想,如果三法司上疏提到当初严嵩陷害杨继盛的事情,反而对自己有帮助。因为事情虽然是严嵩煽动的,但却是嘉靖皇帝同意的。一旦三法司想为当年的事情翻案,嘉靖皇帝必然会恼羞成怒。这样,严世蕃不但不会被降罪,还有被奖赏的可能。
当时的三法司确实是这么想的,他们认为想要扳倒严世蕃,最有力的证据就是严嵩曾经设计残害忠臣杨继盛。这件事在民间的影响非常大,足以将严嵩父子置于死地,而这种想法恰好也陷入了严世蕃设计的圈套。当三法司列举了严嵩父子的罪状后,于上疏前拜访了徐阶。徐阶从审词当中看出了严世蕃的诡计,于是说:“你们是想要严世蕃死,还是想要他活?”三法司异口同声地说:“当然想要他死。”徐阶哈哈大笑,说道:“你们给他定的罪等于在救他,当年杨继盛的案子都是皇上亲自定夺的,如果你们揭露出来并要求翻案,就意味着说皇帝无能。以皇帝的猜疑心,他会认为你们在变相的指责他,严世蕃就会翻身,你们则不会扳倒严嵩。”
最后,由徐阶来拟定奏章,这份奏章没有提杨继盛的冤情,只列出了两条:“交通倭寇,潜谋叛逆。”而这两条正是嘉靖皇帝最讨厌最痛恨的事情。最终,嘉靖皇帝下旨将严世蕃杀了,将严嵩革职,严家的家产全部充公。有记载称,当时严家的家产有二百万两之多。