这个时候的严世蕃似乎一点也不担心自己的处境。在审判中，他只承认自己贿赂的事，却声称其他的行为都不是严重的罪行。严世蕃想，如果三法司上疏提到当初严嵩陷害杨继盛的事情，反而对自己有帮助。因为事情虽然是严嵩煽动的，但却是嘉靖皇帝同意的。一旦三法司想为当年的事情翻案，嘉靖皇帝必然会恼羞成怒。这样，严世蕃不但不会被降罪，还有被奖赏的可能。
当时的三法司确实是这么想的，他们认为想要扳倒严世蕃，最有力的证据就是严嵩曾经设计残害忠臣杨继盛。这件事在民间的影响非常大，足以将严嵩父子置于死地，而这种想法恰好也陷入了严世蕃设计的圈套。当三法司列举了严嵩父子的罪状后，于上疏前拜访了徐阶。徐阶从审词当中看出了严世蕃的诡计，于是说：“你们是想要严世蕃死，还是想要他活？”三法司异口同声地说：“当然想要他死。”徐阶哈哈大笑，说道：“你们给他定的罪等于在救他，当年杨继盛的案子都是皇上亲自定夺的，如果你们揭露出来并要求翻案，就意味着说皇帝无能。以皇帝的猜疑心，他会认为你们在变相的指责他，严世蕃就会翻身，你们则不会扳倒严嵩。”
最后，由徐阶来拟定奏章，这份奏章没有提杨继盛的冤情，只列出了两条：“交通倭寇，潜谋叛逆。”而这两条正是嘉靖皇帝最讨厌最痛恨的事情。最终，嘉靖皇帝下旨将严世蕃杀了，将严嵩革职，严家的家产全部充公。有记载称，当时严家的家产有二百万两之多。