胡惟庸也非等闲之辈，他清楚地知道，朱元璋这一招完全是冲他来的，但他绝不是那种轻易臣服的人，不久便与中丞涂节、御史大夫陈宁等人策划谋反。
谋反尚在计划中，不料朱元璋已先发制人。经过一番审讯，朱元璋在《昭示奸党录》中宣布胡惟庸犯有“窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸欺之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷，私通日本、蒙古”等罪状，下令赐胡惟庸与陈宁死刑，诛连三族并诛涂节，余党皆连坐而死。被杀的胡惟庸的党羽共有1.5万余人。
洪武二十六年（1393）因大将军蓝玉专横跋扈，被告谋反，朱元璋又兴起了“蓝玉之狱”。
洪武二十五年（1392）八月，蓝玉的亲家、靖宁侯叶升因胡案被杀。蓝玉担心叶升的同僚把他给招出来，怕被朱元璋治罪，便想先发制人，起兵谋反，于是便与心腹密谋策划，决定在第二年的二月十五日朱元璋外出时起事。洪武二十六年（1393）二月初，离蓝玉计划谋反的日子不远，早已有所察觉的锦衣卫特务做好了逮捕蓝玉的准备。二月初八日，蓝玉入朝，立刻被逮捕，10天后就被处死，其家人亦全部被杀，朱元璋又借此机会除掉了功臣、文武大官2万人。