苏拉特·侯赛因诺夫1990年当选为阿塞拜疆议员。从1992年5月起，出任阿塞拜疆副总理，并作为总统驻纳戈尔诺——卡拉巴赫地区的全权代表。这期间，他曾指挥阿塞拜疆第二大军团与亚美尼亚作战，功勋卓越，赢得了阿塞拜疆民族英雄的美誉。
1993年初，因苏拉特·侯赛因诺夫与总统埃利奇别伊发生冲突而被撤销一切职务。苏拉特·侯赛因诺夫因愤愤不平于1993年6月从占贾起义，夺取了地方政权，并率兵攻占了首都巴库。总统埃利奇别伊、议长甘巴罗夫等先后被迫下野。苏拉特·侯赛因诺夫要求议会选举他为总统，后因议会及一些政党的强烈反对，而未当选。1993年10月3日，前苏联政坛的资深政治家阿利耶夫，以其声望和丰富的政治经验而被议会选举为议长并代行总统职责，苏拉特·侯赛因诺夫对此颇为不满，他说：“在国家出现权力真空时，议长无权履行总统职责。”后经过会谈，终于说服苏拉特·侯赛因诺夫放弃总统职位，“屈居”总理职位。