（五）财务风险
我国民办学校办学模式多样、投资主体各异，但本质是以投资办学为主的。其资金来源渠道主要依赖于创始人投资、银行贷款和学费收入等。长期以来，由于实质地位的不平等，民办学校难以像公办学校一样在土地、财政、生均拨款等方面享受优惠政策。加之融资渠道不通畅、社会捐赠机制不健全、学费收入不稳定，资金问题成为制约民办教育发展的主要瓶颈。在财务管理方面，实践中相当一部分民办学校财务管理不规范，有的没有专门的机构；有的没有配备具有任职资格的专职财会人员，多由出资者亲属担任；有的资产管理混乱，出资者凭借对学校的控制权，通过各种隐性的方式变相营利。
新政实施后，现有的民办学校的办学成本可能更大。一是转设为营利性民办学校的成本较高。《促进民办教育健康发展的若干意见》（2016年）第十五条规定：“土地使用权人申请改变全部或者部分土地用途的，政府应当将申请改变用途的土地收回，按时价定价，重新依法供应。”《民办学校分类登记实施细则》第十五条规定：现有民办学校如果登记为营利性民办学校的，首先应进行财务清算，同时要“依法明确土地、校舍、办学积累等财产的权属并缴纳相关税费”，重新办证，重新登记。这意味着非营利性民办学校转为营利性民办学校时将面临巨大的转设成本。二是新政实施后办学成本普遍上升。《促进民办教育健康发展的若干意见》（2016年）第十三条规定：民办学校“应从学费收入中提取不少于5%的资金，用于奖励和资助学生”。第十八条规定：“民办学校应依法为教职工足额缴纳社会保险费和住房公积金。”第二十四条规定：“学校要在学费收入中安排一定比例资金用于教师培训。……提高教师工资和福利待遇。”同时，学校应将党建、思想政治以及群团工作等经费纳入学校经费预算。在目前多数地方政府财政趋紧，扶持政策语焉不详的情况下，主要依靠学校自身解决上述办学成本上升问题无疑会给民办学校带来新的压力。