政府部门不能依法管理民办教育常常表现为“缺位”和“越位”两种现象。“缺位”是指政府机关没有承担起应该管理的责任，典型的情况是“无法可依”，即对需要政府管理的事务，因没有相应的法律法规或政策作为行政依据，或者是相关的法律法规规定过于模糊，对具体情况难以起到指导作用，行政官员不积极作为，这种现象具有一定普遍性；另一种情况是“有法不依”，虽然法律法规有明确规定，但政府官员不依法办事，不作为。“政府越位”主要指政府机构管理了本应属民办学校自主管理的事务，影响到民办学校办学自主权。《民办教育促进法》和其《实施条例》都明确规定要保障民办学校办学自主权，如“自行设置专业、开设课程，自主选用教材”和招生录取权等。但现实中，民办学校在确定招生计划、招生专业、录取标准、招生方式以及招生区域方面仍受政府相关部门的许多限制，民办学校在办学定位、办学层次、专业设置、教学安排和选用教材及教育方式的自主权受到限制。
影响政府依法管理的主要原因是：民办教育是新生事物，相关部门因缺乏管理经验和认识不足导致相关法律法规与政策供给滞后，政府机构或官员“无法可依”，或常出现以官员意志代替法律法规的现象；民办教育发展过程存在复杂性，尤其是非营利和营利性共存、保护投资者的积极性与倡导民办教育公益性共存，常常使政府部门陷入“顾此失彼”的政策困境，限制了政府对民办教育的依法管理；政府相关部门对民办教育的认识不统一，导致相关的法规和政策彼此打架，也容易导致有法不依。要实现依法管理，为民办教育提供健康可持续的发展环境需要做到以下几点。