莫尔所进行的全部国事活动，都是完全独立自主的，他从来不肯委曲求全以迎合别人。1528年，因为在国会上进行国家预算案的投票时，莫尔没有支持英王，所以他遭到了被流放的威胁，也就是出使西班牙，尽管这种威胁只是暂时的，但是数年之后，莫尔终于遭到了严厉的报复。
在宗教政策产生冲突时，莫尔赞成了要维持教皇政权的观点，尽管他平日在谈论到宗教问题的作品中都是赞同用全教会代表会议限制教皇政权。不过，赞成教皇政权，并不能阻止他嘲笑僧侣的无知和神学者们的愚钝。
他并不同情1517年由马丁·路德倡导的宗教改革。而英王亨利八世在宗教改革中支持教皇，并且是宗教改革的坚定反对者，甚至在1521年公开发布过一本书来攻击马丁·路德，而且这本书是莫尔编撰的。马丁·路德在反驳的文章中写道，亨利八世是“粗陋、蠢笨、糊涂的脑袋”，是“荒唐可笑的小丑，完全不懂什么是宗教信仰”。1523年刊发的《托马斯·莫尔答马丁·路德散布的对英王亨利八世的嘲笑》一文中，充满了诸如“醉汉和蛮族”等对马丁·路德进行人身攻击的词句。
然而，几年之后，英王亨利八世因为和教皇发生了冲突从而改变了对宗教改革的态度。他们发生冲突的原因是，教皇因为受制于西班牙国王查理五世，便不同意英王和西班牙凯瑟琳公主离婚。而亨利八世想要离婚的原因是，他想要迎娶年轻貌美的宫女安·普琳为英国王后。这背后更深层次的原因是，英王和西班牙皇室的联姻已经没有意义了，但是如果和教皇决裂并且使英国教会独立出来，亨利八世就能从英国天主教教会中获得大量的金银财宝和地产。